Die Handball-Bayernliga 2009/10 war die zweiundfünfzigste Ausspielung der Handball-Bayernligasaison.
Modus
Es wurde eine Hin- und Rückrunde gespielt. Nach Abschluss der daraus resultierenden 28 Spieltage stieg der „Bayerische Meister“ in die neu gegründete 3. Liga 2010/11 auf, während je nach Anzahl der Absteiger aus der 3. Liga die letztplatzierten zwei bis fünf Mannschaften in die beiden Staffeln der Landesliga absteigen mussten. Der Modus war für Männer und Frauen gleich.
Teilnehmer und Platzierungen
Nicht mehr dabei waren der Auf- und die Absteiger aus der Vorsaison. In diesem Jahr gab es keinen Absteiger aus der Regionalliga, weshalb sich in dieser Spielzeit vier Aufsteiger (N) aus den Landesligen qualifizieren konnten. Im Verlaufe der Saison traten fünfzehn Mannschaften in der Bayernliga an.
(A) = Absteiger aus der Regionalliga Süd (N) = neu in der Liga Bayerischer Meister und Aufsteiger zur 3. Liga Süd 2010/11 Für die Bayernliga 2010/11 qualifiziert