Aufgrund seiner langen Vergangenheit und der engen Verbindung mit der Schafzucht wird Hamilton auch Wool Capital of the World (deutsch: Wollwelthauptstadt) genannt.
Die Stadt Hamilton wurde an der Grenze zu drei traditionellen Stammesgebieten der Aborigines gegründet: dem Gebiet der Gunditjmara, das sich südlich bis zur Küste erstreckt, dem Gebiet der Tjapwurong in nordöstlicher Richtung und dem Gebiet der Bungandidj Richtung Westen. Wegen seiner fruchtbaren Böden und ausreichend Wasser war ein Großteil der Ureinwohner sesshaft. Noch heute sind Überreste von Staudämmen und Fischfallen, etwa im Lake Condah südlich von Hamilton, zu sehen.
Am 12. September 1836 kam mit dem Entdecker Thomas Mitchell als erster Europäer in diese Gegend. Seine Berichte von Fruchtbarkeit und Überfluss, er nannte das westliche Victoria Australia Felix, führte dazu, dass Viehzüchter mit ihren Schafherden in dieses Gebiet zogen. Bereits drei Jahre später, im Jahr 1839, wurde auch der Teil des heutigen Hamilton besiedelt. Seine Besitzer, die Wegde Familie, nannte das Stück Land The Grange (Scheune).
Die Nähe von The Grange zu anderen Grundstücken und zu der wichtigen Verkehrsverbindung zwischen Portland und New South Wales führt bald dazu, dass sich ein Hotel, ein Schmied und kleinere Geschäfte ansiedelten. Ein Postamt wurde am 1. Juli 1844 eröffnet. Hamilton wurde im Jahr 1851 zur Stadt erklärt.
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