Henry Allen Holmes absolvierte nach dem Schulbesuch ein grundständiges Studium an der Princeton University, das er 1954 mit einem Bachelor of Arts (B.A.) beendete. Anschließend diente er zwischen 1954 und 1957 im US Marine Corps (USMC) und absolvierte danach von 1957 bis 1958 einen Auslandsstudienaufenthalt an der Universität von Paris. Nach seiner Rückkehr trat er in den Dienst des US-Außenministeriums und war zunächst zwischen 1958 und 1959 Forschungsanalytiker für Geheimdienste sowie von 1959 bis 1961 Konsular- und Politikreferent an der Botschaft in Kamerun. Nach seiner Rückkehr war er zwischen 1961 und 1963 Referent im Außenministerium und 1963 kurzzeitig Assistent im Stab des Unterstaatssekretärs für politische Angelegenheiten (Under Secretary of State for Political Affairs), W. Averell Harriman. Nachdem er zwischen 1963 und 1967 Politischer Referent an der Botschaft in Italien war, arbeitete er von 1967 bis 1970 wieder als Referent im Außenministerium. Daran schloss sich zwischen 1970 und 1974 eine Verwendung als Botschaftsrat für politische Angelegenheiten an der Botschaft in Frankreich an sowie von 1975 bis 1977 als Leiter des Referats für NATO-Angelegenheiten.
Nachdem Holmes zwischen 1977 und 1979 Ständiger Vertreter des Botschafters in Italien war, fungierte er zwischen 1979 und 1982 als erster stellvertretender Leiter des Referats für Europäische Angelegenheiten (Principal Deputy Assistant Secretary of State for European Affairs) im Außenministerium. Am 15. Oktober 1982 löste er Richard J. Bloomfield als Botschafter in Portugal ab und verblieb auf diesem Posten bis zum 26. Juni 1985, woraufhin Frank Shakespeare seine Nachfolge antrat.[1] Er selbst wurde daraufhin 19. Juli 1985 als Nachfolger von John T. Chain Jr. zunächst zum Leiter des Referats für Politisch-Militärische Angelegenheiten (Director of the Bureau of Politico-Military Affairs) im US-Außenministerium ernannt und trug ab dem 14. April 1986 die Amtsbezeichnung Assistant Secretary of State for Political-Military Affairs. Diesen Posten übte er bis zum 8. August 1989 aus und wurde daraufhin von Richard Clarke abgelöst.[2]