Das Franchise wurde Anfang des 20. Jahrhunderts als Toronto Marlboros gegründet und zog 1989 nach Hamilton um. Nach dem Umzug spielte die Mannschaft bis 1991 als Dukes of Hamilton, bevor sie erneut umzog. Seitdem spielt sie als Guelph Storm in der OHL. In den Anfangsjahren hatte die Mannschaft noch keinen Erfolg in der Juniorenliga. Erst in der Saison 1994/95 erreichten sie das erste Mal den Gewinn ihrer Division. Folgerichtig wurde der damalige Trainer der Storm, Craig Hartsburg, als Trainer des Jahres der OHL und CHL ausgezeichnet. Bedeutende Spieler der frühen 1990er Jahre waren Jeff O’Neill und Todd Bertuzzi.
Die Guelph Storm erreichten sowohl 1995, als auch 1996 das Playoff-Finale der OHL. 1996 qualifizierte sich die Mannschaft zudem für das Turnier um den Memorial Cup, da sie im OHL-Playoff-Finale auf den Gastgeber des Pokalturniers, die Peterborough Petes, trafen. Zwei Jahre später gewann die Mannschaft ihren ersten J. Ross Robertson Cup und nahm wiederum am Turnier um den Memorial Cup teil, verlor das Finale aber gegen die Portland Winter Hawks. 2000 zog das Franchise aus den alten Guelph Memorial Gardens in das Guelph Sports and Entertainment Centre, das heute Sleeman Centre heißt. 2002 waren die Storm Gastgeber des Turniers um den Memorial Cup. Weitere zwei Jahre später wurde die Mannschaft aus Guelph erneut Meister der OHL und nahm erneut am Memorial Cup teil.
Die Guelph Storm haben seit 1991 an vier Turnieren um den Memorial Cup teilgenommen, konnten den Pokal aber nie gewinnen. Zudem gewann die Mannschaft zweimal den J. Ross Robertson Cup, dreimal die Hamilton Spectator Trophy und vier Divisionstitel.
18 – Die Nummer von Paul Fendley, einem ehemaligen Spieler der Guelph CMC's, der bei einem Unfall im Guelph Memorial Gardens 1972 ums Leben kam, wurde seitdem an keinen Spieler der Guelph CMC's, Guelph Platers oder Guelph Storm vergeben.
GP = Spiele, W = Siege, L = Niederlagen, T = Unentschieden, OTL = Overtime-Niederlagen, SOL = Shutout-Niederlagen, P= Punkte, GF = Tore, GA = Gegentore
Nach dem Umzug nach Guelph benutzte das Franchise zunächst die Guelph Memorial Gardens für seine Heimspiele, bevor 2000 das Guelph Sports and Entertainment Centre eröffnet wurde. Dieses bietet 11785 Zuschauern Platz, davon entfallen 4685 auf Sitzplätze. Später wurde die Eishalle in Sleeman Centre umbenannt.