Die Grenze entspricht im Wesentlichen der historischen Grenze zwischen der Markgrafschaft Mähren und dem Königreich Ungarn (Oberungarn), mit einem kurzen Abschnitt an Niederösterreich nahe dem Zusammenfluss von March und Thaya sowie an Schlesien (bzw. Österreichisch-Schlesien) im östlichsten Teil. Die heutige Staatsgrenze entstand 1993 und ist nahezu identisch mit der vorherigen Landesgrenze zwischen dem tschechischen und slowakischen Landesteil der Tschechoslowakei seit 1918. 1996 wurde eine Grenzbereinigung vereinbart, in der insgesamt 452 Hektar gegenseitig getauscht und die vorher tschechische Siedlung U Sabotů (seit 1998 Šance und Teil von Vrbovce) gegen den slowakischen Teil von Sidónia (seither Sidonie und Teil von Brumov-Bylnice) getauscht wurde. Außerdem wurde der Grenzverlauf an der March korrigiert, so dass er nunmehr dem regulierten Flussbett anstelle dem vorherigen mäandrierten Lauf folgt.[2] Die Grenze wurde von 285 auf 251 km verkürzt.[3]
Seit 28. September 2022 kontrolliert Tschechien die Grenzen zur Slowakei aufgrund erhöhtem Schleppertums.[4]