Fernández studierte in Valladolid, wo er um das Jahr 1605 seine eigene Werkstätte einrichtete. Er machte sich mit holzgeschnitzten und bemalten Altarfiguren einen Namen. Dabei verzichtete er auf leuchtende Farben und Gold und wählte stattdessen eine schlichte, natürlich wirkende Farbgebung. Fernández’ Christusstatuen sind von großer Eindringlichkeit und Ausstrahlung. Zu seinen Hauptwerken gehören die Altarretabel der Zisterzienserinnenabtei Las Huelgas Reales und des Klosters der Descalzes Reales in Valladolid, der Kathedrale von Plasencia und der Konkathedrale von Miranda do Douro in Portugal.
