Er trat 1535/36 in der Kolonie von Santa Marta als juristischer Magistrat (span. „Justicia Mayor“) an und hatte die Aufgabe, den Fluss Magdalena zu erkunden. Als Konquistador war er schon deshalb eine Ausnahme, weil er fließend schreiben und lesen konnte und eine juristische Ausbildung hatte. Die von ihm kommandierten Truppen besiegten das Volk der Chibchas und er gründete am 6. August 1538 die damalige Hauptstadt des späteren Vizekönigreichs Neugranada, Santa Fe de Bogotá, die spätere Hauptstadt Kolumbiens. Er erbeutete große Mengen an Smaragden und Gold für die Krone Spaniens. Sein Umgang mit der einheimischen Bevölkerung schwankte zwischen brutalen Angriffen und humanitären Hilfsaktionen.
Er traf Nikolaus Federmann und Sebastián de Belalcázar und überzeugte diese, mit ihm nach Spanien zurückzureisen, da sie alle Anspruch auf die neuen Gebiete erhoben. Dort wurde er bis 1550 nicht beachtet, da die Stimmung in Spanien gegenüber den Konquistadoren schlecht war. Er erhielt aber später infolge seiner juristischen Fähigkeiten den Titel eines Marschalls von Neugranada. Er versuchte weitere Male, El Dorado zu finden und organisierte hierzu Expeditionen an die Flüsse RÃo Guaviare und Orinoco, die ihn in den Ruin trieben. Seine Niederschriften gingen verloren.