Godisson liegt etwa 28 Kilometer nordwestlich von Mortagne-au-Perche und etwa 30 Kilometer nordnordöstlich von Alençon im Süden der Région naturelle des Pays d’Auge. Das Ortsgebiet wird entwässert vom Don, einem Nebenfluss der Orne, der es im Süden mit seinen Seitenarmen begrenzt. Godisson besteht aus verstreut liegenden Weilern ohne eigentliches Zentrum. Das Relief des Ortsgebiets ist hügelig. Das Bürgermeisteramt liegt mit der Pfarrkirche zentral auf etwa 220 m Höhe. Die höchste Erhebung wird im Norden an der Grenze zur Nachbargemeinde Le Merlerault mit 300 m, die niedrigste im Südwesten mit 175 m am Austritt des Don aus dem Ortsgebiet gemessen.
Teile des Gebiets von Godisson gehören zum Natura-2000-Schutzgebiet „Haute vallée de l’Orne et affluents“ (FR2500099).[1] Rund 98 % der Fläche der Gemeinde werden landwirtschaftlich, hauptsächlich als Weideland genutzt, rund 2 % sind bewaldet, hauptsächlich im Nordosten (Stand: 2018).[2]