Im Zweiten Weltkrieg etablierte Nicolini das Assisi Network, eine geheime Organisation katholischer Kleriker, welche Juden Schutz vor dem Holocaust während der Besetzung Italiens durch die Nationalsozialisten bot. Zusammen mit dem FranziskanerRufino Niccacci konnte er mehrere hundert Juden in Kirchen, Klöstern und anderen kirchlichen Gebäuden vor dem Holocaust verstecken.[1] Obwohl diese kirchlichen Räume normalerweise Außenstehenden verschlossen sind, brachte Nicolini die verfolgten Juden dort unter und gewährte ihnen auch religiöse Freiheiten. So konnten sie 1943 Jom Kippur zusammen mit den dort anwesenden Nonnen feiern.
Pfarrer Aldo Brunacci wurde von Nicolini mit einer Rettungsaktion beauftragt, um den Juden Zuflucht zu bieten. Zudem wurde er damit betraut, gefälschte Reisedokumente vorzubereiten, um die Ausreise der Juden aus Italien zu ermöglichen.[1]
