Von 1994 bis 2000 war er litauischer Koordinator der Friedrich-Naumann-Stiftung in Vilnius, von 1994 bis 2004 Hochschullehrer des Instituts für Internationale Beziehungen und Politikwissenschaften der VU, von 1997 bis 2000 Mitglied im Stadtrat Vilnius, Vorsitzender der Liberalen Fraktion. Seit 2000 ist er Mitglied des Seimas (von 2005 bis 2008 stellvertretender Vorsitzender des Seimas), und vom 9. Dezember 2008 bis 12. Dezember 2012 Bildungsminister in der 15. Regierung Litauens (Kabinett Kubilius II).
Gintaras Steponavičius ist verheiratet. Er hat einen Sohn aus erster Ehe und eine Tochter aus zweiter Ehe.