Am 13. September 1497 wurde er zum Bischof von Rimini gewählt. Zunächst war er Verwalter der Diözese, bis er das kanonische Alter von 27 Jahren erreichte. Am 1. April 1504 wurde er mit einer Dispens, weil er das kanonische Alter noch nicht erreicht hatte, zum Bischof erhoben. Er hatte den Bischofssitz bis zum 24. Juni 1530, als er zu Gunsten seines Neffen Francesco Carafa zurücktrat, inne.
Vom 26. Juli 1535 bis zum 21. April 1539 war er Verwalter des Bischofssitzes von Acerra. Am 23. Juli 1537 entschied er sich für die Titelkirche Santa Prisca und am 28. November 1537 für Santa Maria in Trastevere. Am 4. August 1539 wurde er Kardinalbischof und erhielt den suburbikarischen Bischofssitz von Palestrina. Als Papst Paul III. nach Vicenza ging, wurde Kardinal Carafa als Päpstlicher Legat in Rom eingesetzt.
Er starb in Neapel am 28. August 1541 und wurde in der dortigen Kathedrale beigesetzt.