Die Gauliga Mecklenburg 1942/43 war die erste Spielzeit der Gauliga Mecklenburg des Deutschen Fußball-Bundes. Kriegsbedingt wurde die Gauliga Nordmark zum Ende der Saison 1941/42 in die drei regionalen Gauligen Hamburg, Mecklenburg und Schleswig-Holstein aufgeteilt. Die Gauliga Mecklenburg wurde in dieser Saison in einer Gruppe mit zehn Mannschaften ausgespielt, wobei sich die SG Neu Kaliß bereits vor der Saison, und die WSG Schwerin und der VfL Güstrow im Laufe der Saison zurückzogen, so dass sieben Mannschaften durchgehend am Punktspielbetrieb teilnahmen. Die Gaumeisterschaft sicherte sich die TSG Rostock und qualifizierte sich dadurch für die deutsche Fußballmeisterschaft 1942/43, bei der die Rostocker jedoch bereits in der Qualifikationsrunde nach einer 0:4-Hinspielniederlage und einem 1:1 im Rückspiel gegen Holstein Kiel ausschieden.
