Die Gauliga Bayern 1941/42 war die neunte Spielzeit der Gauliga Bayern (offiziell: Bereichsklasse Bayern) im Fußball. Zum 1. Oktober 1941 war der Sportbereich Bayern in fünf Gaue eingeteilt worden, die oberste Spielklasse wurde in dieser Saison aber zunächst noch eingleisig ausgetragen. Zum zweiten Mal nach 1939 gewann der 1. FC Schweinfurt 05 den bayerischen Gaumeistertitel, nachdem im Verlauf der Runde lange Zeit zunächst Vorjahresmeister TSV 1860 München und anschließend die SpVgg. Fürth das Feld angeführt hatten. Die Schweinfurter schieden allerdings in der Endrunde um die deutsche Meisterschaft bereits im Achtelfinale aus. Die beiden letzten Plätze der Gauliga belegten abgeschlagen die beiden Neulinge aus Nürnberg und Weiden. Da die Gauliga zur kommenden Spielzeit in die Gauliga Nordbayern und die Gauliga Südbayern geteilt wurde, spielten beide Vereine erneut erstklassig.
Durch die Aufspaltung in zwei Gauligen stiegen alle teilnehmenden Mannschaften auf, die Würzburger Kickers jedoch erst nach Protest, wodurch die Gauliga Nordbayern zur kommenden Spielzeit mit elf anstatt zehn Teilnehmern ausgespielt wurde.
