Gaetano Baluffi war der Sohn von Pietro Baluffi und dessen Frau Paola Micheletti und entstammte einer wohlhabenden Familie aus Camerino. Als junger Mann studierte er am Seminaro-Collegio, dem Priesterseminar in Ancona Philosophie, Theologie und Rechtswissenschaften und empfing am 9. März 1811 die Priesterweihe.
Als Kaplan und Priester wirkte er als Kanonikus an der Kathedrale von Ancona. Gleichzeitig lehrte er als Professor Rhetorik an Universitäten und Seminaren, war Direktor des Lyzeums der Stadt und schrieb einige Sachbücher über Theologie. 1824 wurde er zum Generalvikar der Diözese Ancona ernannt, ein Amt, welches er bis 1834 bekleidete.
Am 29. Juli 1833 wurde Baluffi zum Bischof von Bagnoregio ernannt; die Bischofsweihe empfing er am 18. August 1833 durch Kardinal Carlo Odescalchi in Rom. Ein Jahr später, am 19. Dezember 1834, stieg Baluffi zum persönlichen Berater von Papst Gregor XVI. auf. Dieser entsandte Baluffi am 9. September 1836 als Internuntius nach Nueva Granada, dem heutigen Kolumbien. Er sollte bis zum 30. Juni 1842, dem Datum, an welchem er Bogotá in Richtung Italien wieder verließ, mit Ausnahme von Brasilien als Internuntius den Heiligen Stuhl in allen südamerikanischen Staaten vertreten.
Bereits am 27. Januar 1842 war Baluffi zum Erzbischof von Camerino ernannt worden. Mit seiner Ernennung zum Sekretär der vatikanischen Kongregation für die Bischöfe und Ordensleute am 22. April 1845 ging die Erhebung zum Titularerzbischof von Perge einher, aber bereits ein Jahr später, am 21. September 1846, wechselte er als Oberhirte in das Bistum Imola.
Kardinal Baluffi starb im Alter von 78 Jahren und wurde auf dem Friedhof der Stadt Imola beigesetzt.
Literatur
Philippe Bountry: Prélats Référendaires et officers de curie en fonctions sous la restauration (1814–1846). In: Souverain et pontife. Recherches prosopographiques sur la Curie Romaine à l’âge de la Restauration (1814–1846). École française de Rome, Rom 2002, Rz. 60–62 (französisch, Online-Ausgabe).