Im Vergleich zur Saison 1998/99 war der MTV Gifhorn aus der Oberliga Niedersachsen/Bremen abgestiegen, während die Amateurmannschaft des VfL Wolfsburg aufgestiegen war. Die drei Absteiger hatten die Liga verlassen und wurden durch die vier Aufsteiger Blau-Weiß Bornreihe, TSV Verden, Grün-Weiß Vallstedt und Eintracht Northeim ersetzt.
Den Staffelsieg sicherte sich die zweite Mannschaft von Eintracht Braunschweig. Sie nahm an der Aufstiegsrunde zur Oberliga Niedersachsen/Bremen teil, konnte sich dort aber nicht durchsetzen. Die Mannschaften auf den fünf letzten Plätzen mussten absteigen.
Den Staffelsieg sicherte sich die Amateurmannschaft von Hannover 96. Sie nahm an der Aufstiegsrunde zur Oberliga Niedersachsen/Bremen teil und setzte sich dort durch. Die Mannschaften auf den beiden letzten Plätzen mussten absteigen. Atlas Delmenhorst änderte seinen Namen im Oktober 1999 in Delmenhorster SC.
Im Endspiel um die Niedersachsen-Meisterschaft setzte sich die zweite Mannschaft von Eintracht Braunschweig gegen die Amateurmannschaft von Hannover 96 mit 2:1 durch.
