Die Bayernliga hieß in ihren ersten fünf Spielzeiten (1945 bis 1950) Landesliga Bayern und war die zweithöchste Spielklasse.
Die jetzige Landesliga war seit ihrer Bildung als vierte Spielklasse 1963/64 (Gründung der Bundesliga) bis 2011/12 in die Staffeln Nord, Mitte und Süd eingeteilt. Ab 1994/95 war sie fünftklassig (Wiedereinführung der Regionalligen), mit der Saison 2008/09 sechstklassig (Einführung der 3. Liga). Bis 2010/11 qualifizierte sich aus den drei Staffeln jeweils der Meister für die Bayernliga. Die drei zweitplatzierten Vereine ermittelten in einer Relegationsrunde mit dem Viertletzten der Bayernliga den letzten Teilnehmer. Den Unterbau der Landesliga bildete von 1988/89 bis 2011/12 die Bezirksoberliga, welche in sieben Staffeln (für jeden bayerischen Regierungsbezirk) eingeteilt war.
Seit der Saison 2012/13 ist die Landesliga in fünf regionale Gruppen Nordwest, Nordost, Mitte, Südwest und Südost gegliedert und stellt die sechsthöchste Spielklasse dar.[1] Den Unterbau bilden 15 Staffeln der Bezirksliga, die Bezirksoberligen wurden gestrichen.
Im Jahr 2020 gab es wegen der COVID-19-Pandemie keinen Saisonabschluss, die Spielzeit wurde verlängert und erstreckte sich somit über die Jahre 2019 bis 2021.[2]
Die Saison 2019/20 wurde im März 2020 aufgrund der COVID-19-Pandemie unterbrochen. Der Bayerische Fußball-Verband beschloss, die Spielzeit ab September 2020 weiterzuspielen, wodurch die Saison bis 2021 verlängert wurde.
