Die Amateurliga Schleswig-Holstein wurde zur Saison 1965/66 das 19. Mal ausgetragen und bildete bis zur Saison 1973/74 den Unterbau der zweitklassigen Regionalliga Nord. Die beiden erstplatzierten Mannschaften durften an der Aufstiegsrunde zur zweitklassigen Regionalliga Nord teilnehmen, die Mannschaften auf den drei letzten Plätzen mussten in die 2. Amateurliga absteigen.
Vereine der Amateurliga Schleswig-Holstein 1965/66
Im Vergleich zur Saison 1964/65 veränderte sich die Zusammensetzung der Liga folgendermaßen: Der Itzehoer SV war in die Regionalliga Nord auf-, während der VfR Neumünster aus der Regionalliga Nord abgestiegen war. Die drei Absteiger Borussia Kiel, Gut-Heil Neumünster und TuS Holtenau hatten die Amateurliga verlassen und wurden durch die drei Aufsteiger Polizei SV Kiel (Rückkehr nach 15 Jahren), TSV Schlutup (Rückkehr nach drei Jahren) und Husum 18 (Rückkehr nach 14 Jahren) ersetzt.
Die Meisterschaft und damit die Teilnahme an der Aufstiegsrunde sicherte sich der VfR Neumünster. Als Zweitplatzierter durfte Schleswig 06 ebenfalls teilnehmen. Beide verpassten den Aufstieg in die Regionalliga Nord. Da der SV Friedrichsort aus der Regionalliga Nord abstieg, gab es vier Absteiger aus der Amateurliga. Im erforderlichen Entscheidungsspiel um Platz 12 setzte sich Lägerdorf gegen Holstein Segeberg durch. Holstein Segeberg musste nach drei Spielzeiten den Gang in die 2. Amateurliga antreten, DGF Flensborg nach zwei Jahren und Husum 18 nach einem Jahr. Mit dem FC Kilia Kiel stieg das vorletzte Gründungsmitglied der Liga ab.
Aufstiegsrunde zur Amateurliga Schleswig-Holstein 1966/67
An der Aufstiegsrunde nahmen die Meister und Zweitplatzierten der sechs Staffeln der 2. Amateurliga teil. Sie spielten in drei Staffeln. Der Sieger jeder Staffel stieg in die Amateurliga auf. Bei Punktgleichheit wurde ein Entscheidungsspiel angesetzt.