Die Amateurliga Schleswig-Holstein wurde zur Saison 1959/60 das 13. Mal ausgetragen und bildete bis zur Saison 1962/63 den Unterbau der erstklassigen Oberliga Nord. Die beiden erstplatzierten Mannschaften durften an der Aufstiegsrunde zur erstklassigen Oberliga Nord teilnehmen, die Mannschaften auf den drei letzten Plätzen mussten in die 2. Amateurliga absteigen.
Vereine der Amateurliga Schleswig-Holstein 1959/60
Im Vergleich zur Saison 1958/59 veränderte sich die Zusammensetzung der Liga folgendermaßen: Der VfB Lübeck war in die Oberliga Nord aufgestiegen, während der keine Mannschaft aus Schleswig-Holstein aus der Oberliga Nord abgestiegen war. Die beiden Absteiger VfB Kiel (nach acht Jahren) und Rot-Weiß Moisling (nach einem Jahr) hatten die Amateurliga verlassen und wurden durch die drei Aufsteiger Union-Teutonia Kiel (Rückkehr nach drei Jahren), Frisia Husum und Lübeck 1876 (beide erstmals in der Amateurliga) ersetzt.
Die Meisterschaft und damit die Teilnahme an der Aufstiegsrunde sicherte sich wie im Vorjahr der Heider SV. Als Zweitplatzierter durfte der SV Friedrichsort ebenfalls teilnehmen. Heide erreichte den Aufstieg in die Oberliga Nord.