Die Fußball-Amateurliga Berlin 1968/69 war die neunzehnte Spielzeit der höchsten Amateurklasse in West-Berlin. Die Amateurliga Berlin war unterhalb der Regionalliga Berlin und damit auf der dritthöchsten deutschen Ligenebene angesiedelt. Der TuS Wannsee wurde Berliner Amateurmeister 1969, stieg in die Regionalliga auf und war der Berliner Vertreter bei der Amateurmeisterschaft des DFB. Zweiter Aufsteiger in die Regionalliga waren die Sportfreunde Neukölln, während der SC Gatow, der VfB Hermsdorf und der VfL Schöneberg aus der Amateurliga abstiegen.