Nach dem Examen, der Approbation und der Promotion wurde er Unterarzt an der Charité, in Hannover und Potsdam. Im Jahr 1879 erfolgte seine Kommandierung als Militärarzt an das Kaiserliche Gesundheitsamt, wo er als „kommissarischer Hülfsarbeiter“ Untersuchungen im chemisch-hygienischen Labor durchzuführen hatte. 1880 wurde er im Rang eines Stabsarztes am Kaiserlichen Gesundheitsamt als Assistent zusammen mit Georg Gaffky dem neu berufenen Robert Koch zugewiesen. Er isolierte bzw. entdeckte die Erreger von Infektionskrankheiten wie dem vor allem bei Pferden gefürchteten Rotz (1882 mit dem Veterinär-Anatom Wilhelm Schütz das Bakterium Burkholderia mallei), der Diphtherie (1884 mit Edwin Klebs das Bakterium Corynebacterium diphtheriae) und dem Schweinerotlauf (1882 das Bakterium Erysipelothrix rhusiopathiae).
Mit einem Lehrauftrag für Chemie, pathologische Anatomie und Hygiene wurde er an die Pepinière zurückversetzt. Im Jahr 1886 habilitierte er sich an der Berliner Friedrich-Wilhelms-Universität für Hygiene, wo er seine Vorlesungen über die geschichtliche Entwicklung der Lehre von den Bakterien begann. Mit dem Parasitologen Rudolf Leuckart und dem Mitarbeiter Oscar Uhlworm gründete Loeffler 1887 das sich als führendes Referateorgan international durchsetzende Centralblatt für Bakteriologie. Im Jahr 1888 wurde er in Pommern Professor für Hygiene und Geschichte der Medizin an der Königlichen Universität zu Greifswald, wo er, berufen 1887, den Lehrstuhl für Hygiene erhielt. Er beschrieb mit Paul Frosch 1898 den ultravisiblen Erreger der Maul- und Klauenseuche als ein partikuläres Agens, kleiner als ein Bakterium. Damit wurde er zum Mitbegründer der Virologie. Das Virus der Maul- und Klauenseuche war das zuerst beschriebene Virus in der Tierwelt (etwa 10 Jahre zuvor hatten Dimitri Iwanowski und Martinus Willem Beijerinck das Tabakmosaikvirus bei Pflanzen entdeckt). Ihm gelang es, das erste Schutzserum gegen die Maul- und Klauenseuche herzustellen, das jedoch aus Kostengründen nicht zur Anwendung kam. Loeffler war auch als Kommunalhygieniker in Greifswald tätig. Er engagierte sich im Kampf gegen Seuchen und Infektionskrankheiten. In den 1890er Jahren unternahm er, vermittelt durch das Pariser Institut Pasteur, im Auftrag des griechischen Königs Georgios eine Reise nach Griechenland um erfolgreich eine Feldmaus-Plage zu bekämpfen, wobei er den von ihm in Greifswald bei Versuchsmäusen entdeckten Erreger des Mäusetyphus (das Bakterium Salmonella typhi-murium (Salmonella Serovar Typhimurium)) zur Eindämmung der Feldmaus-Plage in Thessalien einsetzte.[3]
Zudem setzte er sich für die Verbesserung von Stadtreinigung und des Abfuhrwesens und den Bau der Kanalisation in der Stadt Greifswald ein. Sein Ausspruch „Und gebaut wird sie doch!“, den er den Gegnern des Kanalisationsprojektes trotzig entgegenschleuderte, wird des Öfteren zitiert.
Auf der Halbinsel Riems bei Greifswald gründete er 1910 die kaiserliche Tierseuchen-Forschungsanstalt als das erste virologische Forschungsinstitut; seit 1952 wird es nach ihm als Friedrich-Loeffler-Institut bezeichnet. Er verließ es, als er nach Berlin zurückgeholt wurde und 1913, nach der Emeritierung Gaffkys, zum Leiter des Robert-Koch-Instituts berufen wurde.[4] Nach Loeffler wurden die Loeffler-Färbung (mit alkalischem Methylenblau) und die Loeffler-Platte (Nährboden mit Traubenzucker) benannt.[5] Loeffler starb 1915 im Alter von 62 Jahren in Berlin.[6] Beerdigt wurde er auf dem Alten Friedhof in Greifswald. Ein Sohn war der Orthopäde Friedrich Loeffler.
Am 9. April 2024 wurde auf dem Gelände der Charité, Berlin-Mitte, Unterbaumstraße, eine Gedenktafel für Friedrich Loeffler und Paul Frosch enthüllt.
Schriften (Auswahl)
mit Robert Koch und Georg Gaffky: Ueber die Verwerthbarkeit heißer Wasserdämpfe zu Desinfectionszwecken. In: Mitteilungen aus dem Kaiserlichen Gesundheitsamt. 1, 1881, S. 322–340.
Vorlesungen über die geschichtliche Entwicklung der Lehre von den Bakterien. Leipzig 1887.
mit Paul Frosch: Berichte der Kommission zur Erforschung der Maul- und Klauenseuche bei dem Institut für Infektionskrankheiten in Berlin. In: Centralblatt für Bakteriologie. Band 22, 1897, S. 257–259 (Teil 1), und Band 23, 1898, S. 371–391 (Teil 2).
Zur Immunitätsfrage. In: Mitteilungen aus dem Kaiserlichen Gesundheitsamt. 1, 1882, S. 134–187.
Untersuchungen über die Bedeutung der Mikroorganismen für die Entstehung der Diphtherie beim Menschen, bei der Taube und beim Kalbe. In: Mittheilungen aus dem Kaiserlichen Gesundheitsamte. 2, 1884, S. 421–499.
Hermann Butzer: Prof. Dr. med. Friedrich Loeffler. In: Einst und Jetzt, Jahrbuch des Vereins für corpsstudentische Geschichtsforschung, Bd. 40 (1995), S. 27–32.
Gert H. Brieger: Loeffler (Löffler), Friedrich August Johannes. In: Charles Coulston Gillispie (Hrsg.): Dictionary of Scientific Biography. Band8: Jonathan Homer Lane – Pierre Joseph Macquer. Charles Scribner’s Sons, New York 1973, S.448–451.
Concise Dictionary of Scientific Biography, Charles Scribner’s Sons, New York 1981, ISBN 0-684-16650-X, S. 434
Isaac Asimov: Biographische Enzyklopädie der Naturwissenschaften und der Technik, Herder, Freiburg/Basel/Wien 1974, ISBN 3-451-16718-2, S. 375
↑Gundolf Keil: Robert Koch (1843–1910). Ein Essai. In: Medizinhistorische Mitteilungen. Zeitschrift für Wissenschaftsgeschichte und Fachprosaforschung. Band 36/37, 2017/2018 (2021), S. 73–109, hier: S. 86–88.