Peddes wissenschaftliche Schwerpunkte liegen auf der Aufarbeitung und Publikation alter Ausgrabungen, insbesondere die irakischen Fundorte Uruk/Warka und Assur betreffend. Hier widmet er sich vor allem der Architektur, Metallobjekten und Bestattungen.
Keramik aus Nord-Belutschistan: Die Sammlungen Noetling und Henckmann im Museum für Indische Kunst, Staatliche Museen zu Berlin, Preußischer Kulturbesitz, Materialien zur Iranischen Archäologie, Band 1, Berlin 1993, ISBN 3-496-00440-1
mit Marlies Heinz und Bernd Müller-Neuhof: Uruk. Die Kleinfunde IV. Metall- und Steinobjekte im Vorderasiatischen Museum zu Berlin. Ausgrabungen in Uruk-Warka Endberichte 21, Mainz, 2000, ISBN 3-8053-1899-5
Vorderasiatische Fibeln. Von der Levante bis Iran, Abhandlungen der Deutschen Orient-Gesellschaft, Band 24, Saarbrücken, 2000, ISBN 3-930843-57-9
mit Steven Lundström: Der Alte Palast in Assur, in: Wissenschaftliche Veröffentlichungen der Deutschen Orient-Gesellschaft 120, Wiesbaden, 2008, ISBN 978-3-447-05727-1
Die Gräber und Grüfte in Assur II: Die mittelassyrische Zeit, WVDOG 144, Wiesbaden, 2015, ISBN 978-3-447-10493-7
Die Familie Pedde. 200 Jahre Geschichte, Selbstverlag, Berlin, 2017
Als Herausgeber
mit Nathanael Shelley: Assyromania and More. In Memory of Samuel M. Paley, marru 4, Münster, 2018, ISBN 978-3-96327-038-3