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Die Entwicklung der Spezifikationen und der Einzelprojekte läuft dabei in enger Zusammenarbeit mit den bekannten Desktops Gnome, KDE und Xfce. Auch arbeitet das Projekt eng mit den Entwicklern des X.Org-Servers zusammen, welcher die gebräuchlichste Implementierung des X Window-Systems darstellt.
Das Projekt versteht sich nicht als klassisches Standardisierungsgremium. Es verweist für diese Aufgabe auf andere Projekte wie die Free Standards Group oder die X.Org Foundation. Vielmehr sieht sich das Projekt als Ort für die Zusammenarbeit, um Ideen und Code auszutauschen sowie Spezifikationen auszuarbeiten.
Freedesktop.org hat darüber hinaus eine Software-Sektion, in der sich Programme finden, die in einem losen Zusammenhang mit den Projektzielen stehen und z. B. die Interoperabilität von Desktop-Software verbessern.[1]
Freedesktop.org hat mehrere Erfolge vorzuweisen. KDE und GNOME haben eine gemeinsame Icon-Benennung, eine einheitliche Definition von Mimetypes und setzen beide in aktuellen Versionen auf die gleiche Prozess-Kommunikation D-Bus.