Haberl wurde als Sohn eines Lehrers in Oberellenbach (Niederbayern) geboren. Er besuchte das bischöfliche Knabenseminar in Passau, studierte dann Theologie in München und empfing dort am 12. August 1862 die Priesterweihe.
In dieser Zeit vollendete Haberl auch die Herausgabe des 4. Bandes der Musica Divina seines kurz zuvor verstorbenen Lehrers Carl Proske.
Während der Amtszeit Haberls als Domkapellmeister erschienen unter seiner Redaktion Neuausgaben der Choralbücher in enger Anlehnung an die Editio Medicea von 1614. Das päpstliche Privileg zum Druck dieser Ausgabe für die Druckerei Pustet wurde 1900 nicht mehr erneuert, da inzwischen die Forschungen der Benediktiner von Solesmes die Fassungen der Editio Medicae als nicht authentisch erwiesen hatten. Papst Pius X. beauftragte 1904 eine Kommission mit der Wiederherstellung der ursprünglichen Lesarten der Choralgesänge, der Editio Vaticana, die die Editio Medicea dann ablöste.
Seit 1876 gab er „zum Besten der kirchlichen Musikschule“ den Cäcilien-Kalender heraus, den er 1886 zum Kirchenmusikalischen Jahrbuch erweiterte.
Nach einem längeren Studienaufenthalt in Rom, der vor allem der Vorbereitung der Gesamtausgabe der Werke Palestrinas galt, übernahm er 1885 wieder Leitung und Unterricht der Kirchenmusikschule in Regensburg. Die 1862 begonnene Gesamtausgabe der Werke Palestrinas oblag ihm von Band 10 an bis zu ihrem Abschluss mit Band 33 im Jahre 1894 (der 4. Nachtragsband erschien 1907). Seit 1894 hatte er auch einen Teil der Gesamtausgabe der Werke von Orlando di Lasso (21 Bände, 1894–1927) übernommen.
Seit 1889 redigierte er die von Franz Xaver Witt gegründete kirchenmusikalische Zeitschrift Musica sacra und seit 1899 auch die Fliegenden Blätter für katholische Kirchenmusik (später: Cäcilienvereinsorgan).
Im Stadtosten von Regensburg ist eine Straße nach ihm benannt.
Werke & Editionen
Magister choralis. Theoretisch praktische Anweisung zum Gregorianischen Kirchengesange nach den Grundsätzen des Enchiridion chorale und Organum von J. G. Mettenleiter für Geistliche, Organisten, Seminarien und Cantoren, bearbeitet von F. X. Haberl. Pustet, Regensburg 1864 (später ins Ital., Frz., Engl., Span., Poln. u. Ung. übersetzt)
Organum comitans ad Graduale Romanum, quod sub auspiciis sanctissimi Domini nostri Pii pp. IX. curavit sacrorum rituum congregatio. Proprium et Commune Sanctorum necnon festa pro aliquibus locis transposita et harmonice ornata. Pustet, Regensburg 1875 (mit Joseph Hanisch)
Wilhelm du Fay. Breitkopf & Härtel, Leipzig 1885 (= Bausteine für Musikgeschichte, 1)
Repertorium Musicae Sacrae ex auctoribus saeculi XVI. et XVII. (ab 1886, Beilage zum Kirchenmusikalischen Jahrbuch, mit Neuausg. älterer Musikwerke: Messen, Motetten, Falsibordoni)
Musica Divina, sive thesaurus concentuum selectissimorum omni cultui divino totius anni, juxta ritum Sanctae Ecclesiae Catholicae inserventium (begonnen von Carl Proske), Annus secundus, 4 Bände, Pustet, Regensburg 1886 (mit Joseph Schrems)
Die römische „schola cantorum“ und die päpstlichen Kapellsänger bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts. Breitkopf & Härtel, Leipzig 1888 (= Bausteine für Musikgeschichte, 3), zuvor in: Vierteljahresschrift für Musikwissenschaft 3 (1887), S. 189–296
Officium hebdomadae sanctae et octavae paschae / Die Feier der heiligen Char- und Osterwoche. Lateinisch und deutsch für Gebet und Gesang. Pustet, Regensburg 1887
Bibliographischer und thematischer Musikkatalog des päpstlichen Kapellarchives im Vatikan zu Rom. Breitkopf & Härtel, Leipzig 1888 (= Bausteine für Musikgeschichte, 2)
Psalterium vespertinum. Psalmi ad vesperas et completorium per totius anni cursum, mediationum et finalium initiis digestis ad majorem psallentium commoditatem concinnati. Pustet, Regensburg 1888
Collectio Musices Organicae ex operibus Hieronymi Frescobaldi. Breitkopf & Härtel, Leipzig 1889
Organum comitans ad Vesperale Romanum, quod curavit sub auspiciis sanctissimi Domini nostri Pii PP. IX. sacrorum rituum congregatio. Pustet, Regensburg 1877 (mit Joseph Hanisch)
Kleines Gradual- und Meßbuch. Ein Gebet- und Betrachtungsbuch für Kirchensänger und gebildete Laien. Pustet, Regensburg 1892
Literatur
Utto Kornmüller: Lexikon der kirchlichen Tonkunst. Band II, 1892.
Cl. Bachstefel: Erinnerungen an Dr. Franz Xaver Haberl. In: Musica Sacra. 1910, Nr. 12: "Franz X.Haberl", in Musikal. Wochenbl. 1910, S. 311 f.
Karl Weinmann: Dr. Franz Xaver Haberl. In: Musica Sacra. 1910, Nr. 10.
Karl Weinmann: Geschichte der Kirchenmusik. 1913.
Otto Ursprung: Die katholische Kirchenmusik. 1931.
Andreas Weißenbäck: Lexikon der katholischen Kirchenmusik. Klosterneuburg bei Wien 1937.
Max Tremmel: Dr. Franz Xaver Haberl zu seinem 100. Geburtstag. In: Kirchenmusik-Zeitschrift des allgemeinen Cäcilienvereins. Band 3, 1940, S. 70.
A. Schirdewahn: Dr. Franz Xaver Haberl als Musikerzieher.
Karl Gustav Fellerer (Hrsg.): Geschichte der katholischen Kirchenmusik. Band II: Vom Tridentinum bis zur Gegenwart. 1976.
August Scharnagl: Franz Xaver Haberl (1840–1910) – Musiker und Musikforscher. In: Franz A. Stein (Hrsg.): Sacerdos et Cantus gregoriani Magister. FS Ferdinand Haberl zum 70. Geburtstag. Regensburg 1977, S. 233–246.