Franz Termer studierte nach dem Abitur in Berlin ab 1913 Geographie und Völkerkunde in Berlin (u. a. bei Eduard Seler) und Würzburg (Karl Sapper). Er promovierte 1920 mit einer Arbeit über Die Entwicklung der länder- und völkerkundlichen Kenntnisse über Mittelamerika im 16. Jahrhundert. Nach seiner Habilitation 1923 war er Assistent und Privatdozent am Lehrstuhl Sappers, ab 1929 außerordentlicher und ab 1932 ordentlicher Professor für Geografie und Ethnologie an der Julius-Maximilians-Universität Würzburg.
Seine Forschungsschwerpunkte waren Mexiko und Zentralamerika, vor allem die Maya-Kultur. Er unternahm sechs Reisen durch Mittelamerika und publizierte geographische, vulkanologische und ethnographische Studien zu der Region
Zur Ethnologie und Ethnographie des nördlichen Mittelamerika (= Ibero-amerikanisches Archiv. Jg. 4, H. 3, 1930, ISSN0340-3068). F. Dümmler, Berlin 1930.
Vom Kunsthandwerk altamerikanischer Kulturvölker. Verlag des Hamburgischen Museums für Völkerkunde und Vorgeschichte, Hamburg 1951.
Die Mayaforschung. J.A. Barth, Leipzig 1952.
Karl Theodor Sapper, 1866–1945. Leben und Wirken eines deutschen Geographen und Geologen. J.A. Barth, Leipzig 1966 (= Lebensdarstellungen deutscher Naturforscher. Band 12).
Palo Gordo. Ein Beitrag zur Archäologie des pazifischen Guatemala. Renner, München 1973.
Bericht über die Arbeitszusammenkunft deutscher Völkerkundler in Göttingen am 22. und 23. November 1940. Dieterich, Göttingen 1941.
Wolfgang Haberland (Hrsg.): Bibliographie der Arbeiten von Franz Termer aus den Jahren 1919–1964. Prof. Dr. Franz Termer aus Anlaß seines 70. Geburtstages am 5. Juli 1964 gewidmet von seinen Mitarbeitern. Hamburgisches Museum für Völkerkunde und Vorgeschichte, Hamburg 1964.
Wolfgang Kophamel: Franz Termer. Ein deutscher Mittelamerika-Forscher. In: Tranvía. Bd. 5, Nr. 19, 1990, ISSN0930-0724, S. 45–48.
Wolfgang Kophamel: Franz Termer (1894–1968) – Politische Geographie und Völkerkunde. Eine Werkbiographie. Verlag Dr. Kovač, Hamburg 2017, 328 Seiten, ISBN 978-3-8300-9299-5.
Wilhelm Sandermann: Papier in Altamerika. Franz Termer zum Gedächtnis. In: Papiergeschichte, München, Jg. 20 (1970), Heft 1/2, S. 11–24, ISSN0031-1383.