Ruprecht besuchte das Gymnasium in Prag, an dem er 1830 im Alter von 16 Jahren seinen Abschluss machte. Im Folgenden nahm er ein Studium an der medizinischen Fakultät der Universität Prag auf, welches er 1836 beendete. Im Jahr 1839 wurde er Mitarbeiter des Botanischen Museums der Petersburger Akademie der Wissenschaften.[1] Ziel Ruprechts Forschungsreisen war unter anderem der Norden des europäischen Teils Russlands im Jahr 1841, sowie der Kaukasus in den Jahren 1860 bis 1862.
Ruprecht wurde 1851 stellvertretender Leiter des kaiserlichen botanischen Gartens in Sankt Petersburg. Im Jahr 1853 wurde er außerordentliches und 1857 ordentliches Mitglied der Russischen Akademie der Wissenschaften und 1855 Leiter des botanischen Museums.
Als Kenner der russischen Flora veröffentlichte er eine Vielzahl an fachbezogenen Werken. Themenschwerpunkte war unter anderem die Systematik der Gräser und Wasserpflanzen.