Nach der Priesterweihe war Francisco Carlos da Silva zunächst als Pfarrvikar an der KathedraleSão Carlos Borromeu in São Carlos und in der PfarreiDivino Espirito Santo in Itápolis tätig, bevor er 1983 Pfarradministrator und später schließlich Pfarrer der Pfarrei São Sebastião in Itaju wurde.[2] Ab 1984 war er Pfarrer der Pfarrei São Sebastião in Borborema. Dort koordinierte er den Bau der neuen Pfarrkirche sowie der KapellenSão Benedito (1991), Nossa Senhora Aparecida (1992) im Stadtteil Vila Hermes und Santa Edwiges (1996) im Stadtteil Vila Cristina. Außerdem ließ er ein Katechesezentrum bauen und das Druck- und Verlagshaus der Pfarrei renovieren. Überdies wurde auf seine Initiative hin im September 1986 die erste Vinzenzkonferenz in der Pfarrei gegründet.[1]
Neben seiner Tätigkeit in der Pfarrseelsorge war Francisco Carlos da Silva von 1985 bis 1986 für die Jugendpastoral im Bistum São Carlos verantwortlich. Ferner koordinierte er von 1997 bis 2000 die Pastoral in der Region IV des Bistums und auf diözesaner Ebene. Von 1999 bis 2002 war Francisco Carlos da Silva zusätzlich Generalvikar. Ab 2005 fungierte er als Bischofsvikar der Region IV des Bistums São Carlos.[2] Darüber hinaus gehörte er bereits ab 1999 dem Priesterrat, dem Bischofsrat, dem Diözesanpastoralrat und dem Konsultorenkollegium des Bistums sowie von 2002 bis 2006 der Diözesankommission für die Kulturgüter und ab 2007 dem Organisationskomitee für die 100-Jahrfeier des Bistums São Carlos an.[1] Außerdem war er ab 2002 auch Kanoniker und Domdechant an der Kathedrale São Carlos Borromeu in São Carlos sowie Direktor des Diözesanarchivs. Überdies leitete Francisco Carlos da Silva vom 5. Juni 2006 bis zum 26. Januar 2007 das Bistum São Carlos während der Sedisvakanz als Diözesanadministrator.[2]
Papst Franziskus bestellte ihn am 30. September 2015 zum Bischof von Lins.[4] Die Amtseinführung erfolgte am 27. November desselben Jahres. Unter der Leitung von Francisco Carlos da Silva wurde die erste Diözesansynode des Bistums Lins abgehalten. Außerdem wurden auf seine Initiative hin das Pastoralzentrum des Bistums und das Bischofshaus renoviert und ein neues Gebäude für die Diözesankurie gebaut. Zudem ordnete er die Finanzen des Bistums neu und führte Transparenzkriterien in der Finanzverwaltung ein. Darüber hinaus war er als Bischof von Lins in der Region Sul 1 der Brasilianischen Bischofskonferenz für die Nüchternheitspastoral zuständig.[1]
Am 26. Juni 2024 ernannte ihn Papst Franziskus zum ersten Bischof des am gleichen Datum errichteten Bistums Jaú.[5] Die Amtseinführung fand am 7. September desselben Jahres statt.[6]
