2007 kehrte Francisco César García Magán in das Erzbistum Toledo zurück, wo er als Domherr an der Kathedrale von Toledo (2008–2018) sowie als Bischofsvikar für die Kultur und die internationalen Beziehungen (2008–2015) und als Pro-Generalvikar (2015–2020) tätig war. Daneben war er von 2009 bis 2014 Sprecher der Kommission für Religionsfreiheit des Justizministeriums Spaniens.[1] Von 2010 bis 2012 war er außerdem Mitglied des Leitungsteams der Asociación Española de Canonistas und von 2012 bis 2014 schließlich deren Vizepräsident.[2] 2020 wurde García Magán Generalvikar des Erzbistums Toledo.[1] Zudem lehrte er ab 2007 Kanonisches Recht an der Universidad Eclesiástica San Dámaso in Madrid sowie ab 2008 am Instituto Teológico San Ildefonso und am Instituto Teológico de Ciencias Religiosas Santa María in Toledo.[2]
Rafael Palmero, Demetrio Fernández González, Francisco César García Magán: Iglesia, misterio de fe, hogar de hermanos y comunidad de vida. Arzobispado de Toledo, Toledo 1987, ISBN 978-84-404-0077-2.
Derechos de los pueblos y naciones: un ámbito de diálogo entre el derecho internacional y el magisterio de Juan Pablo II. Pontificia Universitas Lateranensis, Rom 1999, OCLC1100268849.