Schon als Chorknabe sang er an der Kathedrale San Lorenzo seiner Heimatstadt und war dort bis 1624 als Kapellsänger tätig. Nach einem kurzen Aufenthalt 1624 in Rom, wo er seine Ehefrau, die Sängerin Maddalena Manelli, kennenlernte, kehrte er ab 1627 wieder als Kantor der Hauskapelle nach Tivoli zurück. Er begann nun, Opern zu schreiben. 1629 erste Drucke seiner Werke in Rom. Opern von ihm wurden teils unter seiner Mitwirkung als Sänger und der seiner Frau Maddalena hauptsächlich in Parma und Venedig aufgeführt. Schließlich zog es ihn 1638 nach Venedig. Dort eröffnete er gemeinsam mit Benedetto Ferrari ein Opernhaus im ehemaligen Theater San Cassiano. Es war das erste öffentliche Opernhaus der Welt und nun hatte auch das Volk Zugang zu dieser Kunstform, die zuvor lediglich in „geschlossener Gesellschaft“ zur Aufführung gekommen war, etwa in Adelshäusern oder Akademien. Während dieser Zeit stand er oft gemeinsam mit seiner Frau auf der Bühne. 1645 folgte Manelli einem Ruf aus Parma und wirkte dort bis zu seinem Ableben als Kapellmeister am Hof der Farnese.
Er schuf eine große Zahl erfolgreicher Opern, von welchen allerdings nur die Libretti erhalten sind. Überliefert sind lediglich kleinere Werke wie Arien, Kantaten und Canzonetten.