Er war in erster Ehe verheiratet mit Agnese Visconti († 1391), Tochter des Bernabò Visconti. Seine zweite Ehefrau war seit 1393 Margherita Malatesta († 1399), Tochter des Galeotto Malatesta von Rimini. Mit ihr hatte er einen Sohn, Gianfrancesco I. Gonzaga (1395–1444), Herr und ab 1433 Markgraf von Mantua.
Literatur
Alberto Compagnoni: Francesco I Gonzaga (1366–1407). Ed. Sometti, Mantova 2004, ISBN 88-7495-100-0 (nicht ausgewertet).