Die 16 Mannschaften spielten an 30 Spieltagen jeweils zweimal gegeneinander. Der Meister und Zweitplatzierte stiegen in die Gambrinus Liga 2013/14 auf. Die letzten zwei Teams stiegen ab.
Der 1. HFK Olomouc zog sich aus wirtschaftlichen Gründen nach der Saison aus der Fotbalová národní liga zurück und spielte in der folgenden Saison in der drittklassigen MSFL.