Die Football League Third Division 1999/2000 war die achte Saison der Football League Third Division als nur noch vierthöchste englische Fußballliga und 42. Viertligaspielzeit insgesamt.

Die drei bestplatzierten Vereine Swansea City, Rotherham United und Northampton Town stiegen direkt in die Football League Second Division auf. Die Vereine auf den Plätzen vier bis sieben ermittelten im Play-off-Modus den vierten Aufsteiger. Hierbei setzte sich der FC Darlington durch.

Chester City stieg als Tabellenletzter in die Football Conference und wurde in der folgenden Saison durch den Meister der Football Conference, Kidderminster Harriers ersetzt.

Pl.	Verein	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	Wales Swansea City	46	24	13	9	051:300	+21	85
2.	Rotherham United	46	24	12	10	072:360	+36	84
3.	Northampton Town (A)	46	25	7	14	063:450	+18	82
4.	FC Darlington	46	21	16	9	066:360	+30	79
5.	Peterborough United	46	22	12	12	063:540	+9	78
6.	FC Barnet	46	21	12	13	059:530	+6	75
7.	Hartlepool United	46	21	9	16	060:490	+11	72
8.	Cheltenham Town (N)	46	20	10	16	050:420	+8	70
9.	Torquay United	46	19	12	15	062:520	+10	69
10.	AFC Rochdale	46	18	14	14	057:540	+3	68
11.	Brighton & Hove Albion	46	17	16	13	064:470	+17	67
12.	Plymouth Argyle	46	16	18	12	055:510	+4	66
13.	Macclesfield Town (A)	46	18	11	17	066:610	+5	65
14.	Hull City	46	15	14	17	043:430	±0	59
15.	Lincoln City (A)	46	15	14	17	067:690	−2	59
16.	Southend United	46	15	11	20	053:610	−8	56
17.	Mansfield Town	46	16	8	22	050:650	−15	56
18.	Halifax Town	46	15	9	22	044:580	−14	54
19.	Leyton Orient	46	13	13	20	047:520	−5	52
20.	York City (A)	46	12	16	18	039:530	−14	52
21.	Exeter City	46	11	11	24	046:720	−26	44
22.	Shrewsbury Town	46	9	13	24	040:670	−27	40
23.	Carlisle United	46	9	12	25	042:750	−33	39
24.	Chester City	46	10	9	27	044:790	−35	39

Platzierungskriterien: 1. Punkte – 2. Tordifferenz – 3. geschossene Tore

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