Die Gemeinde Fontenay liegt 23 Kilometer nordwestlich von Issoudun. Zu Fontenay gehören neben der Hauptsiedlung auch die Weiler Lussault, Les Deserts und Les Planches. Angrenzende Gemeinden sind Guilly im Norden, La Chapelle-Saint-Laurian im Osten, Liniez im Süden, Bouges-le-Château im Westen sowie Rouvres-les-Bois im Westen und Nordwesten.