International wurde er zunächst mit der Band Subtones (mit Magnus Schriefl, Malte Dürrschnabel, Peter Gall und Ruben Samama bzw. aktuell Matthias Pichler) bekannt, die 2005 den Jazz-Wettbewerb in Straubing gewann und 2008 den Tremplin-Wettbewerb in Avignon. Die Gruppe legte bisher vier Alben vor. Er teilte die Bühne mit Künstlern wie Joe Lovano, Seamus Blake, Rich Perry, John Riley und Tim Ries. Zudem leitete er seine in New York ansässige Florian Hoefner Group, die 2012 ihr Debütalbum Songs without Words veröffentlichte und seither mehrfach in Europa und Nordamerika auf Tournee war. Die Florian Hoefner Group erhielt 2013 den Kleinkunstpreis Ravensburger Kupferle. Seit 2014 lebt er im Osten Kanadas. 2022 legte er das Album Desert Bloom (Alma) vor, aufgenommen mit dem Kontrabassisten Andrew Downing und dem Schlagzeuger Nick Fraser; es wurde mit 2023 dem Juno Award/Jazz Album of the Year – Group ausgezeichnet.
Neben seinen eigenen Ensembles haben auch das Bundesjazzorchester und das Lucerne Jazz Orchestra Kompositionen von Höfner aufgeführt. Er ist zweimaliger Gewinner des ASCAP Young Jazz Composer Award und gehörte zum BMI Jazz Composers' Workshop unter der Leitung von Jim McNeely.
