Filialkirche St. Margarethen bezeichnet folgende Kirchen in Österreich:

• Filialkirche St. Margarethen (Bad Vigaun) in der Gemeinde Bad Vigaun, Salzburg
• Filialkirche St. Margarethen (St. Paul im Lavanttal) in der Gemeinde St. Paul im Lavanttal, Kärnten
• Filialkirche St. Margarethen (Tiffen) in der Gemeinde Steindorf am Ossiacher See, Kärnten
• Filialkirche St. Margarethen ob Köttmannsdorf in der Gemeinde Köttmannsdorf, Kärnten