García Cadiñanos war von 1993 bis 1997 als Pfarrvikar der PfarreiSanta Catalina in Aranda de Duero tätig. Ab 1995 war er zudem Delegat für die Arbeiterpastoral im Erzbistum Burgos. Daneben erwarb er an der Theologischen Fakultät von Nordspanien in Burgos ein Lizenziat im Fach Dogmatik. 1997 wurde Fernando García Cadiñanos für weiterführende Studien nach Rom entsandt, wo er 2000 an der Päpstlichen Universität Gregoriana ein Lizenziat im Fach Christliche Soziallehre erwarb. Nach der Rückkehr in seine Heimat wurde García Cadiñanos Pfarrer in Solarana (2000–2014) und in Villalmanzo (2004–2014). Zudem war er von 2000 bis 2010 Sekretär des Departamento de Formación Sociopolítica des Erzbistums Burgos sowie von 2005 bis 2014 Erzpriester von Arlanza und Sekretär des Priesterrats. Anschließend wirkte Fernando García Cadiñanos als Pfarrer der Pfarrei Nuestra Señora de las Nieves in Burgos. Ab 2015 war er Delegat für die Caritas im Erzbistum Burgos sowie ab 2016 zudem Generalvikar und Moderator der Diözesankurie.[2] Daneben lehrte Fernando García Cadiñanos an der Theologischen Fakultät von Nordspanien in Burgos und wirkte als Direktor des Fachbereichs Christliche Soziallehre.[1]