Wagner war ein Sohn des als Zeichenlehrer an der Gewerbeschule Passau wirkenden Ferdinand Wagner senior, der nicht mit dem Schwabmünchener Kunstmaler Ferdinand Wagner verwechselt werden darf.[1] Er erhielt seine erste Ausbildung bei seinem Vater, anschließend in München, gefolgt von einem Italienaufenthalt 1867/68.
Nach seiner Rückkehr nach Deutschland erregte er Aufmerksamkeit mit der Ausmalung der ehemaligen Weinstube zum Tenormayer in München, in der Folge erhielt er zahlreiche Aufträge als Dekorationsmaler. Wagner erwarb 1889 die bisher als Kaserne gewidmete Veste Niederhaus, verkaufte diese 1907 an den Kunstmaler Eduard Stroblberger, nachdem er sich im Zuge der Planungen zum Bau der Luitpoldbrücke mit den Kommunalpolitikern zerstritten hatte. Wagner zog nach München, wo er 1927 80-jährig verstarb. Wagners Leichnam wurde nach Passau überführt und im Hochfriedhof bestattet.
Von Wagners Werken fanden die Wand- und Deckengemälde im Münchner Ratskeller besondere Beachtung[2] und im Deutschen Theater, die Ausschmückung des Speisezimmers in der Drachenburg[3] bei Königswinter am Rhein, die Dekoration der Cafés Roth und Luitpold in München und des Restaurants Tivoli in London. Dazu fertigte er 1890/91 zahlreiche Dekorationen für das Dampfschiff Fürst Bismarck an. In Passau schuf er die beiden Staatsbilder im Großen Rathaussaal und malte die Rathaussäle sowie von 1886 bis 1890 den Ratskeller aus. Ab 1892 war er mit Folgeaufträgen bis 1916 mit der Ausmalung von Schloss Ratibor bei Roth beschäftigt, wo er 1894 das Hauptbild „Thriumph der Aphrodite“ malte. Andere noch erhaltene Werke sind die Fassadenmalereien am Rathaus von Schwyz (1891), das Deckengemälde im Neuen Großen Festsaal von Schloss Bückeburg (1895), die Dekoration des Großen Saales im Münchner Hofbräuhaus (1897) sowie Darstellungen im Turmsaal des Neuen Rathauses zu Hamburg (1899).
Ferdinand Wagner wurde in Passau mit zahlreichen Ehrungen bedacht. So wurde ihm 1887 die Ehrenbürgerschaft verliehen, des Weiteren wurden die Ferdinand-Wagner-Straße und der von ihm ausgemalte Ferdinand-Wagner-Saal im Ratskeller nach ihm benannt.
Christian Hecht: Ferdinand Wagner – Historienmaler. In: Ostbairische Lebensbilder. Band II, Dietmar Klinger Verlag, Passau 2005, ISBN 3-932949-51-X.
Horst Ludwig (Bearbeiter): Malerei der Gründerzeit. Vollständiger Katalog (= Bayerische Staatsgemäldesammlungen [Hrsg.]: Gemäldekataloge. Bayerische Staatsgemäldesammlungen: Neue Pinakothek/München. Band6). Hirmer, München 1977, ISBN 3-7774-2940-6, S.308–310 (zwei Ölskizzen für die Wandgemälde im Passauer Rathaussaal und Kurzbiographie des Malers).
Hans-Peter Rasp: Der Historienmaler Ferdinand Wagner und die „Fürstenhäuser“ in München. Historischer Verein von Oberbayern: Oberbayerisches Archiv. Band 124, 2000, S. 72.
Richard Schaffner: Schämt Euch für Euer Tun, ihr Brückenmänner. In: Passauer Neue Presse. 22. August 2011, S. 35.
Ferdinand Wagner, ein Münchner „Malerfürst“ und seine Rathausbilder. Anmerkungen zu seinen Arbeiten für Rathäuser und Schlösser in Bayern, Deutschland und angrenzenden Ländern. In: Jahrbuch der Bayerischen Denkmalpflege Band 66/67 2012/2013, München 2015, S. 103–138.