Im Jahre 1888 wurde Harry Rosenbusch zum Direktor der Großherzoglichen Badischen Geologischen Landesanstalt ernannt (heute Landesamt für Geologie, Rohstoffe und Bergbau Baden-Württemberg) und berief Ferdinand Schalch und Adolf Sauer. Von 1889 bis 1918 war Schalch Badischer Landesgeologe. In dieser Tätigkeit fertigte er 16 Geologische Blätter des Schwarzwalds und Klettgaus und erstellte Gutachten. Er schrieb einige fachspezifische Abhandlungen und sammelte stets Mineralien und Fossilien. Seine Sammlung umfasst Mineralien aus den alten Bergbaugebieten des Erzgebirges, und des Schwarzwalds sowie Fossilien aus der Baar, der Wutachschlucht, dem Klettgau, Randen, Aargau, Baselland und dem Hegau, sowie heute zu nicht mehr zugänglichen Aufschlüssen, wie den Öhninger Steinbrüchen. Schöne Stücke hatte er von Steinbrucharbeitern und anderen Sammlern erworben. 1902 wurde Schalch zum Geheimen Bergrat ernannt. 1907 unternahm er eine Reise nach Frankreich und England. 1908 erhielt er den Zähringer Löwenorden und anlässlich seiner Pensionierung 1918 das Eichenlaub dazu. Danach wollte er sich ganz der Ordnung und Betreuung seiner Mineralien- und Fossiliensammlung widmen, doch die Zeitumstände nach dem Ersten Weltkrieg und seine nachlassenden Kräfte erlaubten es ihm nicht mehr.
Mit dem Alleinsein in Schaffhausen war er überfordert und fand auch keine Hilfe (so schrieb er verzweifelt an Albert Heim). Letztlich begab er sich in eine Pension in Küssnacht, wo er in schwerer Depression freiwillig aus dem Leben ging.
Seine umfangreiche Sammlung vermachte er der Stadt Schaffhausen, die sie 1938 im dafür neu hergerichteten Museum im Kloster Allerheiligen unterbrachte das jedoch am 1. April 1944 von einem Bombentreffer schwer beschädigt wurde. Diese Sammlung konnte durch Bernhard Peyer und vielen Helfern aus dem Schutt geborgen werden. Peyer katalogisierte 30.000 Stücke. Erst 1976 bis 1978 erfolgte die Retrokatalogisierung und Archivierung der Sammlung durch Rudolf Schlatter. Heute ist sie mit einigen Schaustücken in der Naturkundeabteilung im Museum zu Allerheiligen ausgestellt, der Großteil ist magaziniert. Die Belegsammlung zu den Badischen Landesaufnahmen in Freiburg im Breisgau (Sammlung der Universität) wurde im Zweiten Weltkrieg zerstört. Sie soll nach Franz Kirchheimer etwa die Hälfte der einstigen Badischen Sammlung ausgemacht haben. Seine umfangreiche Bibliothek befindet sich heute in der Stadtbibliothek Schaffhausen.[3]
Neben den schönen Funden aus dem Erzgebirge aus seiner Zeit in Leipzig als Sektionsgeologe bei der Geologischen Landesuntersuchung des Königreiches Sachsen von 1876 bis 1889 (Dippoldiswalde-Frauenstein, Sadisdorf, Niederpöpel, Ehrenfriedersdorf, Marienberg, Burkardtsdorf, Thalheim, Gelenau, Harthau, Annaberg, Königswalde, Grumbach, Pöhlberg, Schwarzenberg, Fürstenberg, Bernsbach, Bermsgrün, Radchau, Crandorf-Globenstein, Wildenau, Waschleithe, Beiersfeld, Gross-Pöhla. etwa aus den alten Revieren Breitenbrunn, Rittersgrün, Grube Weidmann, St. Richard, Lager Roter Adler, Lager von Fridolin am Zigeunerberg, Erzlager am Kegelberg und Fastenberg, Ziegenschacht um Johanngeorgenstadt) sind unter vielen anderen auch schöne Stücke von Schwarzwaldmineralen aus seiner Zeit als Badischer Landesgeologe von 1889 bis 1918, wie zum Beispiel Grünbleierz aus Hofsgrund und viele Funde aus (heute zumeist erschöpften) Fundstellen wie bei Alpirsbach, Badenweiler, Brandenberg, Grube Maus, Friedenweiler, Gengenbach, Grube Siberbrünnele, Grube Gabriel, Horbach, Kaiserstuhl, Münstertal, Grube Clara, Wiesloch, Schriesheim und viele weitere in der Sammlung erhalten.
Schriften
Beiträge zur Kenntnis der Trias am südöstlichen Schwarzwalde. Inaug.-Diss. Universität Würzburg, Druck und Verlag der Brodtmann´schen Buchhandlung, Schaffhausen 1873