Von 2000 bis 2001 war Farly Yovany Gil Betancur Pfarrvikar der PfarreiSan José in Angostura und der Pfarrei Nuestra Señora de Las Mercedes in Yarumal. 2001 wurde er Präfekt des Kleinen Seminars in Santa Rosa de Osos. Gil Betancur war von 2004 bis 2005 als Ausbilder am Priesterseminar Santo Tomás de Aquino in Santa Rosa de Osos tätig, bevor er Pfarrvikar der Pfarrei San José Obrero in Bogotá wurde. 2009 wurde er erneut Ausbilder am Priesterseminar Santo Tomás de Aquino, dessen Regens er ab 2011 war. 2018 wurde Farly Yovany Gil Betancur beigeordneter Sekretär der Kolumbianischen Bischofskonferenz.