Die FCB-Gruppe (englischFCB group, auch CFB group) ist eine Klade (Verwandtschaftsgruppe) von Bakterien. Die Bezeichnung ist ein Akronym, benannt nach den ursprünglichen drei Mitglieds-PhylaFibrobacteres, Chlorobiota (Chlorobien) und Bacteroidota (Bacteroidetes). Die Mitglieder werden aufgrund einer Reihe von konservierten charakteristischen Indels als Klade betrachtet.[2]
Thomas Cavalier-Smith hatte diese Klade 1987 als ein Phylum (Klasse/Abteilung) mit dem Namen Sphingobacteria und den Mitgliedsklassen Fibrobacteres, Chlorobiota, Bacteroidota und Flavobacteria beschrieben.[1]
Inzwischen werden die ersten drei dieser Gruppen – nebst weiteren hinzugekommenen – selbst als Phyla klassifiziert und die Flavobacteria als Teil der Bacteroidota gesehen (s. u.). Außerdem wurden und werden immer weitere Gruppen (Phyla) als Mitglieder der gemeinsamen Klade identifiziert, wenngleich diese oft nur aus der Metagenomik bekannte Kandidaten sind („mikrobielle dunkle Materie“).
Daher wird inzwischen die FCB-Gruppe von vielen Autoren auch mit dem taxonomischen Rang eines Superphylums belegt.[3][4][5][6]
Cavalier-Smith hatte 2002 die Bezeichnung Sphingobacteria unter Beibehaltung des Rangs als Phylum im engeren Sinn als Synonym für Bacteroidota/Bacteroidetes verwendet.[7]
Egal, ob mit Sphingobacteria die ganze FCB-Gruppe oder nur dieser Teil zu verstehen ist, sie ist in jedem Fall zu unterscheiden von der KlasseSphingobacteriia innerhalb der Bacteroidota/Bacteroidetes.[3][4][5][6]
Die folgenden phylogenetische Bäume zeigen die inneren Verwandtschaftsverhältnisse in der FCB-Gruppe: links ein etwas älteres Kladogramm nach Gupta,[2] Eloe-Fadrosh[10] und Kirkegaard[11] (mit Stand 2016), rechts ein etwas neueres mit einigen bis 2019 hinzugekommenen Phyla:[12][13]
Eine ähnliche Situation ist bei der PVC-Gruppe (alias Planctobakteria) zu beobachten.
Systematik
Im Zug der Hochstufung der FCB-Mitglieder von Klassen zu Phyla wurden für diese neue Bezeichnungen vorgeschlagen, die mit der für Bakterienphyla üblichen Endung ‚-ota‘ versehen sind. Die große Anzahl von Synonymien (verschiedene Bezeichnungen für dieselbe Gruppe/Klade) – inklusive vieler Schreibvarianten – zeigt, wie sehr die Taxonomie dieser Supergruppe diskutiert wurde und noch wird. Umgekehrt gibt es mehrere Beispiele, wo sich die Bezeichnungen verschiedener Gruppen nur minimal unterscheiden. Aus diesem Grund wird eine ausführliche Liste von Namensvarianten im Anmerkungsteil §Synonymien zur Verfügung gestellt.
Die hier angegebene Konsensus-Taxonomie der FCB-Gruppe basiert mit Stand 9. März 2022 auf den folgenden Quellen:
LPSN kennt die Supergruppe FCB selbst nicht, daher sind unten die jeweiligen Mitgliedsphyla einzeln referenziert.
Die GTDB versteht abweichend von der folgenden Systematik das Phylum Bacteroidota im weiteren Sinne, d. h. dem Umfang nach identisch mit der Bacteroidetes–Chlorobi-Gruppe (Bacteroidota–Chlorobiota); die in dieser Klade enthaltenen Phyla haben bis auf Bacteroidetes selbst jeweils nur eine einzige Klasse und sind in der GTDB auf diese Rangstufe herabgestuft.[29]
Üblicherweise sind alle Subtaxa von FCB bis zur Ordnung ausgeführt.
Mit Anführungszeichen veröffentlichte Namen sind nicht gültig veröffentlicht;
weniger gebräuchliche Synonyme sind als Anmerkungen wiedergegeben:
Ordnung Balneolales Munozet al. 2017 (L,N), zuvor „Balneolales“ Munozet al. 2016[32] (L), mit Familie Balneolaceae (L,N)
Phylum: ChlorobiIinoet al. 2010 (L,N), Grüne Schwefelbakterien[34][S 7] – bei LPSN synonym mit Ignavibacteriae (d. h. ein gemeinsames Phylum)
Klasse: ChlorobeaCavalier-Smith 2002 (L,N) alias „Chlorobia“ Garrity & Holt 2001 (L,N) bzw. Whitmanet al. 2018 (L)[S 8] – siehe Hauptartikel
Phylum: IgnavibacteriaePodosokorskayaet al. 2013 (N) bzw. Kublanovet al. 2012 (N)[26][S 9] – bei LPSN Synonym von Chlorobi (d. h. ein gemeinsames Phylum)
↑ abc
Radhey S. Gupta: The Phylogeny and Signature Sequences Characteristics of Fibrobacteres, Chlorobi, and Bacteroidetes. In: Critical Reviews in Microbiology. Band30, Nr.2, 2004, S.123–143, doi:10.1080/10408410490435133, PMID 15239383 (Online). Epub 29. September 2008
↑ ab
N. R. Krieg, W. Ludwig, W. B. Whitman, H. P. Hedlund, B. J. Paster, J. T. Staley, N. Ward, D. Brown, A. Parte: The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes. Hrsg.: George M. Garrity (= Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Band4). 2. Auflage. Springer, New York 2010, ISBN 978-0-387-95042-6, S.908 (Online). Erstauflage: 1984 (Williams & Wilkins).
↑
Laura A. Hug, Brett J. Baker, Karthik Anantharaman, Christopher T. Brown, Alexander J. Probst, Cindy J. Castelle, Cristina N. Butterfield, Alex W. Hernsdorf, Yuki Amano, Kotaro Ise, Yohey Suzuki, Natasha Dudek, David A. Relman, Kari M. Finstad, Ronald Amundson, Brian C. Thomas, Jillian F. Banfield: A new view of the tree of life. In: Nature Microbiology. Band1, Nr.5, 11. April 2016, S.16048, doi:10.1038/nmicrobiol.2016.48, PMID 27572647 (Online).
↑ ab
Rasmus Hansen Kirkegaard, Morten Simonsen Dueholm, Simon Jon McIlroy, Marta Nierychlo, Søren Michael Karst, Mads Albertsen, Per Halkjær Nielsen: Genomic insights into members of the candidate phylum Hyd24-12 common in mesophilic anaerobic digesters. In: Nature – The ISME Journal. Band10, Nr.10, Oktober 2016, ISSN1751-7370, S.2352–2364, doi:10.1038/ismej.2016.43, PMID 27058503, PMC 5030696 (freier Volltext) – (englisch, Online).
↑ abc
K. Mendler, H. Chen, D. H. Parks, L. A. Hug, A. C. Doxey: AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life. In: Nucleic Acids Research. Band47, Nr.9, 2019, S.4442–4448, doi:10.1093/nar/gkz246, PMID 31081040, PMC 6511854 (freier Volltext) – (Online).