In 52 Spielen spielen alle Teams jeweils viermal gegeneinander, jedes Team hat in der gesamten Saison 26 Heim- und 26 Auswärtsspiele. Die Mannschaften auf den Plätzen 1.–6. qualifizieren sich direkt für die Play-offs, die im Best-Of-Seven-Modus ausgetragen wird. Die Mannschaften auf den Plätzen 7.–10. spielen die beiden weiteren Plätze im Best of Five untereinander aus. In der Saison 2006/07 findet keine Relegation statt, da diese nicht im Regelwerk der Extraliga vorgesehen ist. Damit steigt der Meister der 1. Liga direkt in die Extraliga auf.
Die zwei letzten Plätze der Playoffs wurden zwischen den siebt- bis zehntplatzierten Mannschaften ausgespielt. Dabei setzten sich jeweils die schlechter platzierten Mannschaften durch.
Beim HC Třinec zeigte Roman Čechmánek eine überragende Leistung und parierte in den drei Spielen 114 von 118 Schüssen auf sein Tor. Eine andere Legende des tschechischen Eishockey, Jiří Dopita, schaffte in seinem 700. Extraliga-Spiel mit dem HC Znojemští Orli den Einzug in die Play-offs.
Meister der Saison 2006/07 wurde der HC Sparta Prag, der sich gegen den HC Moeller Pardubice durchsetzte. Damit gewann Sparta den fünften Titel der Vereinsgeschichte und konnte den Titel des Vorjahres verteidigen.
