Die Esiliiga 2009 war die 19. Spielzeit der zweithöchsten estnischenFußball-Spielklasse der Herren. Sie begann am 8. März und endete am 11. November 2009.[1]
Die Liga umfasste wie in der Vorsaison zehn Teams. Dabei traten die Mannschaften an 36 Spieltagen jeweils vier Mal gegeneinander an. Der Tabellenerste FC Levadia Tallinn II war als zweite Mannschaft nicht aufstiegsberechtigt. Somit stieg der Zweitplatzierte FC Lootus Kohtla-Järve direkt in die Meistriliiga auf, der Drittplatzierte FC Valga Warrior trat in der Relegation gegen den Neunten der Meistriliiga Paide Linnameeskond an.
Die beiden direkten Absteiger FC Flora Tallinn II und FC Flora Rakvere durften in der Esiliiga bleiben, da der Siebtplatzierte JK Tulevik Viljandi II und der Aufsteiger der II Liiga FC Nõmme United auf eine Teilnahme an der Saison 2010 verzichteten.
Vereine
JK Vaprus Pärnu war aus der Meistriliiga abgestiegen. Aus der II Liiga kamen JK Tulevik Viljandi II, FC Lootus Kohtla-Järve und Tallinna JK Legion hinzu.