Das Bistum San Pedro Sula wurde am 2. Februar 1916 durch PapstBenedikt XV. aus Gebietsabtretungen des Bistums Comayagua als Apostolisches Vikariat San Pedro Sula errichtet. Das Apostolische Vikariat San Pedro Sula wurde am 6. Juli 1963 durch Papst Paul VI. zum Bistum erhoben. Am 3. Juli 1987 gab das Bistum San Pedro Sula Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Trujillo ab. Das Bistum San Pedro Sula gab am 30. Dezember 2011 Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums La Ceiba ab.[1]
Das Bistum San Pedro Sula war bis zum Januar 2023 dem Erzbistum Tegucigalpa als Suffraganbistum unterstellt.