Seit der Christianisierung des heutigen Litauens durch den Deutschen Orden sowie durch die polnisch-litauische Union von Krewo (Hedwig von Anjou) im 14. Jahrhundert lebten Christen im westlichen Landesteil Samogitien. 1417 wurde das Bistum Samogitien gegründet, dessen Bischofsstuhl in Medininkai stand, wie es das Konzil von Konstanz festgelegt hatte. Die Diözese wurde 1798 aufgelöst, jedoch im Jahre 1849 wiedererrichtet.
Zur Reorganisation der Kirchenprovinzen kam es einige Jahre nach der Entstehung eines unabhängigen litauischen Staates im Jahre 1918 sowie der Kriege mit der Sowjetunion und Polen, die zur Abtrennung der Gebiete Mittellitauens an Polen im Jahre 1922 führten, sodass Kaunas zur Interim-Hauptstadt Litauens wurde.
Die Gründung der Erzdiözese von Kaunas und der dazugehörigen Litauischen Kirchenprovinz wurde am 4. April 1926 in einer apostolischen Konstitution des Papstes Pius XI. bekannt gegeben. Neben der Erzdiözese Kaunas gehörten die Suffraganbistümer Vilkaviškis und Telšiai dazu. Daneben wurde für die zu Polen gehörenden Teile Litauens die Kirchenprovinz Vilnius gegründet, der ebenfalls eine Erzdiözese und zwei Suffragane zugeordnet wurden.
Nach der Reorganisation der litauischen Kirchenprovinz durch den Heiligen Stuhl 1991 sind zwei Metropolien entstanden, die von Vilnius und Kaunas. 1997 wurde die neue Diözese von Šiauliai gebildet, der einige nördliche Pfarreien der Erzdiözese Kaunas zugeordnet worden waren. Seitdem bilden die Diözesen von Kaunas, Šiauliai, Telšiai und Vilkaviškis die Kirchenprovinz Kaunas.
