Ernst Friedrich folgte seinem Vater 1764 als Herzog von Sachsen-Coburg-Saalfeld, der beträchtliche Schulden hinterlassen hatte und verlegte die Residenz endgültig nach Coburg. Wegen der hohen Verschuldung des Landes wurde von Kaiser Joseph II. 1773 eine Debitkommission zur Zwangsschuldenverwaltung eingesetzt, die über 30 Jahre arbeitete. Die Kommission wurde zunächst von Prinz Joseph Friedrich von Sachsen-Hildburghausen, später von Herzog Ernst II. von Sachsen-Gotha geleitet. Ernst Friedrich wurden 12.000 Taler jährliche Einkünfte gelassen. Der Herzog führte 1768 die Zahlenlotterie ein, um Zucht- und Waisenhaus finanziell zu unterstützen. Ebenso förderte er die Landwirtschaft. Als sein Kammerjunker fungierte der Schriftsteller Moritz August von Thümmel.[1]
Ernst Friedrich war ab April 1799 der Senior der Ernestiner. Sein Amtsantrittsalter (75-jährig) war das höchste und sein Seniorat mit 16 Monaten das kürzeste aller ernestinischen Senioren.
