Ercole erbte die Titel und Besitztümer seines Vaters bei dessen Tod am 22. Februar 1780. In der Folge der Französischen Revolution wurde Ercole III. am 6. Oktober 1796 abgesetzt. Die beiden Herzogtümer wurden zur Cispadanischen Republik erklärt, die im Jahr darauf in der Cisalpinischen Republik aufging. Die herzogliche Familie wurde 1801 im Frieden von Lunéville mit dem Herzogtum Modena-Breisgau entschädigt. 1803 starb Ercole III. d’Este als letztes männliches Familienmitglied. Seine Tochter Maria Beatrice brachte die Erbschaft den Habsburgern zu und wurde zur Begründerin der Linie Österreich-Este.