Nach Ende des Krieges war Wegener anfangs als Leiter der Technischen Abteilung in der Leitung des Deutschen Minenräumdiensts tätig. Danach wurde er Direktionsassistent in einem Industrieunternehmen.
1956 trat er in die Bundesmarine ein und wurde als Kapitän zur See der erste deutsche Marineattaché der Nachkriegszeit in Washington, D.C. 1960 kehrte er nach Deutschland zurück und wurde als ab April 1961 Flottillenadmiral Leiter der Unterabteilung II Führung im Führungsstab der Marine. Während dieser Verwendung war er für die erste Konzeption der Marine verantwortlich, die Ende Dezember 1962 durch den Inspekteur der Marine erlassen wurde. Er fasste die dieser Konzeption zugrunde liegenden Annahmen zur Bedrohung in einem Dokument "Ostseelage Marine" zusammen.[3] Darauf aufbauend hat Wegener sich nach seiner Pensionierung mit der sowjetischen Marineplanung befasst und seine Gedanken in dem Buch "Moskaus Offensive zur See" veröffentlicht.
1963 wurde er als Vizeadmiral NATO-Befehlshaber der Seestreitkräfte Ostseezugänge. Von diesem Dienstposten aus wurde er 1965 pensioniert.
Im Ruhestand als Konteradmiral a. D. kandidierte er, als Ausdruck seiner politischen Überzeugungen, für die CDU zum 5. Deutschen Bundestag. Er verfehlte knapp das Mandat, setzte seine politische Tätigkeit aber noch mehrere Jahre als ehrenamtlicher Stadtrat in Kiel fort. Wegener liegt auf dem Kieler Nordfriedhof begraben.[4]
In den Jahren seines Ruhestands entfaltete er eine rege historische, seestrategische und militärpolitische Publikationstätigkeit. Auch an den Angelegenheiten der Bundesmarine nahm er, in zahlreichen beratenden Funktionen, als Mitbegründer des Deutschen Marine-Instituts und Wiederbegründung der Marine-Rundschau etc. teil.
Werke
Moskaus Offensive zur See. MOV-Verlag, Bonn-Bad Godesberg 1972 (mit Lebenslauf).
Selbstverständnis und historisches Bewusstsein der deutschen Kriegsmarine, Marine-Rundschau 67 (1970), S. 321.
Die Elemente von Seemacht und maritimer Macht, in: Seemacht und Aussenpolitik, Hrsg. D. Mahncke und H. P. Schwarz, Frankfurt 1974.
Theory of Naval Strategy in the Nuclear Age, Naval Review 1977, US Naval Institute.
Die Seeinteressen der Bundesrepublik Deutschland. Vorträge und Diskussionsbeiträge eines Symposiums des Dt. Marine-Institut, Mittler, Herford 1979. ISBN 3-8132-0098-1.
Das deutsch-britische Verhältnis vor den Weltkriegen, In: Marine-Forum 12-1980. MRV-Verlag, Bonn 1980. ISSN0172-8547
Nachworte (als Herausgeber m. d. Deutschen Marine-Institut.) z. B. zu Paul M. Kennedy: Aufstieg und Verfall der britischen Seemacht, Mittler-Report-Verlag (MRV), Bonn 1978. ISBN 3-8132-0013-2.
Literatur
Berthold J. Sander-Nagashima: Die Bundesmarine 1950 bis 1972: Konzeption und Aufbau. Oldenbourg Verlag, München 2006, ISBN 978-3-486-57972-7.
↑Siehe Lit.: B. J. Sander-Nagashima: Die Bundesmarine 1955 bis 1972, München 2006, S. 237 ff.
↑Dieter Hartwig: Marinegeschichte auf dem Kieler Nordfriedhof. (Sonderveröffentlichung der Gesellschaft für Kieler Stadtgeschichte; 97), Ludwig, Kiel 2021, ISBN 978-3-86935-416-3, S. 223–226.