Morses Eltern waren Jonathan Kimball Morse[1], ein Prediger der Kongregationalisten, und dessen Frau Jane Seymour Beckett aus Cape Elizabeth. Edward war in der Schule wenig erfolgreich und wurde regelmäßig relegiert, hatte dafür aber Erfolge als Schnecken- und Muschelsammler und entdeckte noch als Jugendlicher zwei neue Arten. Hauptberuflich arbeitete er als technischer Zeichner. Aufgrund seines Rufs als Sammler und seiner zeichnerischen Fähigkeiten wurde er Assistent von Louis Agassiz am Museum of Comparative Zoology der Harvard University. Er betreute dort die Sammlung von Mollusken und Brachiopoden. 1863 gründete er mit anderen Agassiz-Schülern die Zeitschrift The American Journalist und wurde einer der Herausgeber. 1864 veröffentlichte er ein Buch über die terrestrischen Mollusken von Maine und 1870 eines über Brachiopoden, die er zu den Würmern zählte. Ab 1871 war er Professor für Vergleichende Anatomie und Zoologie am Bowdoin College und ab 1874 Lecturer in Harvard.
1877 besuchte er erstmals Japan, um Brachiopoden zu sammeln. Er blieb drei Jahre, nachdem ihm eine Professur für Zoologie an der Kaiserlichen Universität in Tokio angeboten wurde. Das war der Öffnung Japans in der Meiji-Zeit zu verdanken. Er sammelte und studierte auch japanische Keramik (auf ihn geht danach der Begriff Jōmon-Zeit zurück) und er erkannte die Bedeutung von Muschelhaufen für die japanische Archäologie. Als Zoologe gründete er ein Labor für Meeresbiologie in Enoshima. 1885 veröffentlichte er ein Buch über japanische Wohnkultur (Japanese Homes and their Surroundings, New York: Harper[2]). Er kehrte noch mehrmals in den 1880er Jahren nach Japan zurück und besuchte auch Südostasien und Europa.
Als Freund des Astronomen Percival Lowell besuchte er mehrfach dessen Observatorium in Flagstaff und veröffentlichte 1906 das Buch Mars and its Mysteries, um Lowells Thesen vom Leben auf dem Mars zu verteidigen.
Am 18. Juni 1863 heiratete Edward Ellen Elizabeth Owen (1837–1911).[3] Aus dieser Ehe gingen zwei Kinder hervor, Edith[4] und John Gould.[5]
Seine Sammlung japanischer Keramik ist im Museum of Fine Arts in Boston, die Sammlung japanischer Gebrauchsgegenstände im Peabody Museum. Eine große Anzahl seiner Bücher stiftete er der Universität Tokio – sie verbrannten dort im großen Erdbeben von 1923.
↑Jonathan Kimball Morse war wiederum ein Nachkomme des aus England nach Portland eingewanderten Anthony Morse. Zitat: „Anthony Morse of Wiltshire, England, came to America in 1635 and settled in Newbury, Mass. He died in 1678. His son, Anthony, born 1662. His son Stephen [son of Anthony] was born 1695. His son Thomas was born 1721. His son Thomas [son of Thomas] born 1749. His son Thomas lived in Haverhill, N. H., but the date of his birth is not known. His son, John [Jonathan] Kimball, was born in 1802 and Edward Sylvester, born 1838, was his son.“ (Data supplied by John G. Morse.) Biografie Seite 3