Chaloupka trat 1927 in den niederösterreichischen Landesdienst ein (Referententätigkeit für Armenfürsorge und Sekretär des Landeshauptmann-Stellvertreters Oskar Helmer). Seit 1934 war er im neu geschaffenen Bundeskommissariat für Personalwesen im Bundeskanzleramt tätig. Nach dem Anschluss 1938 wurde er mehrfach verhaftet und aus dem Staatsdienst entlassen. Er war an der Gründung und Arbeit von aktiven Widerstandszellen gegen die Nationalsozialisten beteiligt. 1945 erfolgte sein Wiedereintritt in den Staatsdienst. Ab 1946 war er Präsidialchef, von 1947 bis zu seinem Tod Sektionschef im Bundeskanzleramt. Sein Nachfolger wurde der bisherige Leiters des Rechtsreferates, der Senatsrat Roland Jiresch.[1]
Eduard Chaloupka war Mitglied und Gründungsbursch der katholischen Studentenverbindungen K.ö.St.V. Frankonia Wien im MKV (seit 1919) und K.A.V. Bajuvaria Wien im ÖCV (seit 1920). In der Bajuvaria hatte Chaloupka nicht nur als Student, sondern das ganze Leben lang Spitzenfunktionen inne, von 1929 bis 1967 war er deren Philistersenior. Als Vorsitzender des ÖCV-Beirates wirkte Chaloupka von 1955 bis zu seinem Tod 1967. Für seine Verdienste wurde ihm posthum die höchste Ehrung des ÖCV, das Band „in vestigiis Wollek“, verliehen. Zum Zeitpunkt seines Todes war er Mitglied in 12 katholischen Studentenverbindungen (9 im ÖCV (u. a. K.A.V. Bajuvaria Wien und AV Austria Innsbruck), 2 im MKV und eine im KÖL (K.Ö.L. Maximiliana Wien)).
