Am EHF-Pokal 2008/09 nahmen insgesamt 63 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatländern für den Wettbewerb qualifizieren konnten. Es war die 28. Austragung des EHF-Pokals. Die Pokalspiele begannen am 6. September 2008, das Rückrundenfinale fand am 17. Mai 2009 statt. Sieger des EHF-Pokals in diesem Jahr wurde der spanische Verein SD Itxako. Titelverteidiger des EHF-Pokals ist der russische Verein GK Dynamo Wolgograd.
Die Auslosung des Viertelfinales fand am 17. Februar 2009 um 11:00 Uhr statt.
Die Hinspiele fanden am 14.–16. März 2009 statt. Die Rückspiele fanden am 20.–22. März 2009 statt.
Die Auslosung des Halbfinale fand am 24. März 2009 um 11:00 (GMT+2) Uhr statt.
Die Hinspiele fanden am 11./13. April 2009 statt. Die Rückspiele fanden am 18. April 2009 statt.
Die Auslosung des Finales fand am 21. April 2009 um 11:00 Uhr (GMT+2) in Wien statt.
Das Hinspiel fand am 9. Mai 2009 statt. Das Rückspiel fand am 17. Mai 2009 statt.