Am EHF-Pokal 2003/04 nahmen 51 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Es war die 23. Austragung des EHF-Pokals bzw. des IHF-Pokals. Titelverteidiger war FC Barcelona. Die Pokalspiele begannen am 10. Oktober 2003, das zweite Finalspiel fand am 24. April 2004 statt. Im Finale konnte sich THW Kiel gegen BM Altea durchsetzen[1].
Der Wettbewerb startete mit 19 Spielen in Runde 2. Zu den 33 Vereinen, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen qualifiziert hatten, kamen die 5 Verlierer der Qualifikationsrunde 1 aus der EHF Champions League 2003/04. In Runde 3, die einen Sechzehntelfinale entsprach, stiegen weitere 13 höher eingestufte Mannschaften ein. Alle Runden inklusive des Finales wurden im K.-o.-System mit Hin- und Rückspiel durchgeführt.
Runde 2
Die Hin- und Rückspiele fanden zwischen dem 10. Oktober 2003 und 19. Oktober 2003 statt.